Der Name äFundamentaltheologieô läßt heute eher an Fundamentalismus denken, denn an eine theologische Forschungsdisziplin. Vergewissert man sich jedoch, daß fundamentalistische Denkweisen gerade dort entstehen, wo man seine Überzeugungen nicht mehr mit der Verpflichtung verbindet, sie kritisch vor anderen zu rechtfertigen, wird die Aktualität der Fundamentaltheologie deutlich: Diese hat zur Aufgabe, religiöse und theologische Grundüberzeugungen einer kritischen Prüfung zu unterziehen und in ihrem Geltungsanspruch vor dem Forum der Zeit zu legitimieren. Die Tübinger Abteilung versteht sich als eine wissenschaftliche Grundlagendisziplin, die interdisziplinär und interkulturell orientiert ist. Zu den Schwerpunkten in Forschung und Lehre gehören drei Themenfelder:
 

• Religion im Spannungsfeld von Philosophie und Theologie: Gottesproblem und negative Theologie, Offenbarung und Vernunft, pluralistische Theologie der Religionen.
• Religionsphilosophie - interkulturell: Spekulativ-mystische Traditionen des späten Mittelalters (Meister Eckehart, Nikolaus von Kues) im Spiegel weisheitlicher Texte religiös-philosophischer Denker des Zen-Buddhismus und des Islam.
• Ästhetik und Theologie: Kontinuitäten und Brüche im Verhältnis von Kunst und Religion, insbesondere jedoch von moderner Kunst und Spiritualität, unter Berücksichtigung von kunstgeschichtlichen und kunsttheoretischen Fragestellungen. Kunst als Medium interreligiöser Verständigung.